இந்த பிரபஞ்சத்தில் மிக நுண்ணிய வடிவம் அணு . அந்த அணுவின் வடிவமும் லிங்கமேயாகும்.அணு மின் ஆற்றல் கொண்ட கருவாகும். இதில் புரோட்டான் மையக்கரு, அந்த மையக்கருவை எலக்ட்ரானும், நியூட்ரானும் வலமாகவும், இடமாகவும் சுற்றி வருகின்றன. எலக்ட்ரான் நீள்வட்டப் பாதையில் சுழலும் மின் அணுத்துகள், நியூட்ரான் மின் இல்லாத சிற்றணுத்துகள்.பரோட்டான் நேர் மின் துகளாக செயல்படும். இந்த அணு தத்துவமான புரோட்டான், எலக்ட்ரான், நியூட்ரான் தத்துவமே அகாரம், உகாரம், மகாரம் என்ற பிரணவ அக்ஷரங்களாகி ஓம் என்ற அணுமயமாகிறது. அதன் படி ஒவ்வொரு அணுவடிவமும் பிரணவ வடிவமே. அகாரம் என்பது இறைவனாகவும், உகாரம் என்பது உயிர் சக்தியாகவும், மகாரம் என்பது இலண்டும் ஒன்று சேரும் மாயாசக்தியாகவும் விளங்குகிறது. இவையே மூலம் பிரும்மமாகவும், மத்யம் விஷ்ணுவாகவும், உச்சி சிவனாகவும்(லிங்கம்) கருதப்படுகின்றது. எனவே அணுவே பிரணவ லிங்கம் எனப் படுகிறது.
.
இந்த மூன்றின் தத்துவமே தொம்பதம், தற்பதம், அசிபதம் என்ற மஹாவேத வாக்கியங்களாய் நூல்களில் குறிப்பிடப் படுகின்றது. தொம்பதம் என்றால் ஆனவம், கன்மம், மாயை நீங்கப்பெற்ற பரிசுத்த ஆன்மாவாகும், தற்பதம் என்றால் ஜீவனுக்குள் தங்கியிருக்கும் அருட்சக்தியாகும். அசிபதம் என்பது மும்மலம் நீங்கப் பெற்ற பரிசுத்த ஆன்மாவும், ஜீவனுக்குள் தங்கியிருக்கும் அருட்சக்தியும் கலக்குமிடமாகும். இந்த மூன்று பதங்களுமே அணுவின் மூன்று செயல்களைக் குறிக்கின்றன. பிரணவ அணுவின் மூன்று தத்துவங்களும் விடாது செயல்படுவதாலேயே இப்பிரபஞ்சம் இயங்கிக் கொண்டிருக்கிறது. இதுவே அணுப் கூத்து. இதுவே திருநடனம். இந்தத் திருநடனம் ஒவ்வொரு கருப்பொருள்களுக்குள்ளும், உருப்பொருள்களுக்குள்ளும் விடாது நடந்து கொண்டிருப்பதால் சிவமே பிரணவமாகிறார். அந்த பிரணவத்தின் தத்துவக் குறியீடு லிங்கமாகின்றது. அறிவியலின் தத்துவமாக ஒரு தனிமங்களின் இரசாயன குணாதிசயங்கள் மாற வேண்டுமென்றால் அதனுள் இருக்கும் அணுக்களின் கணங்கள் மாற வேண்டும். அதன்படி அணுக்களின் கணத்திற்கு காரணம் அவற்றின் உட்கருவில் இருக்கும் நியூட்ரான்களின் எண்ணிக்கை அதிகமாக இருப்பதே ஆகும். அப்படி அதிகமாகுப் போது தனிமங்களின் எடை கூடும்.
அதேபோல் புரோட்டான்களின் எண்ணிக்கையை கூட்டி குறைத்தால் தனிமங்களின் இரசாயன குணம் மாறும். இந்த தத்துவத்தை மையப்படுத்தியே பொருட்களின் அணு எண்ணும், அணு எடையும் அறிவியலால் குறிக்கப் பட்டிருக்கின்றது.இந்த விளைவின் படியே ஒரு தனிமம் வேற்பட்ட தனிமமாகிறது. சித்தர்கள், ரிஷிகள் இந்த அணுக்கொள்கையைக் கடைபிடித்தே ஒரு உலோகத்திலிருந்து மற்றொரு உலோகம் உருவாக்கும் முறையைக்(இரசவாதம்) கண்டறிந்தார்கள். இந்த தத்துவப் படியே உயிரணு செல்களில் வேறுபாட்களைச் செய்து தாழ்ந்த தேகத்தை உயர்ந்த தேகமாக மாற்றிக் கொண்டார்கள். இதுவே சாகாக்கலை எனப்படுகிறது. இந்த அணு தத்துவத்தை விளக்கும் திருமந்திரப் பாடல்
அணுவின் அணுவினை ஆதிபிரானை அணுவின் அணுவினை ஆயி,ங்கூறிட்டு அணுவின் அணுவினை அணுகவல்லார்கட்கு அணுவின் அணுவினை அணுகலுமாமே.!
ஆழ்ந்து பார்த்தால் மெய்ஞானத்தில் இல்லாத எதுவும் விஞ்ஞானத்தில் இல்லை.இறைவன் இரண்டின் வடிவமாகவும் உள்ளான். உண்மையில் அணு உலைக் கிடங்குகளும், அணூ சக்தியை தாங்கி இருக்கும் ஏவுகணைகளும் முறையே இறைவனின் ஸ்தலமும், இறைவனின் அஸ்த்திரமுமாகும். இதை நாம் அறிவியல் கண்கொண்டு பார்க்கிறோமே அன்றி ஆன்மீகக் கண்கொண்டு பார்ப்பதில்லை. சிறந்த அணு இயக்கங்களைக் கொண்ட சுயம்பு லிங்கங்களே உலக உயிர்களை ஈர்க்கின்றன. அந்த சுயம்பு லிங்கங்களை ஆராய்ந்தால் அவற்றின் கதிரியக்கம் புலப்படும். அந்த கதிரியக்கம் இந்த உலக மக்களுக்கு எவ்வளவு நன்மைகளைச் செய்கின்றன என்பது விளங்கும். இவ்வாறான லிங்கங்களே ஜோதிர்லிங்கங்கள் எனப்படுகின்றன
